Phân loại Biến thể Omicron SARS-CoV-2

Danh pháp

Vào ngày 26 tháng 11, Nhóm cố vấn kỹ thuật của WHO về sự tiến hóa của virus SARS-CoV-2 đã tuyên bố dòng PANGO B.1.1.529 là một biến thể cần quan tâm và chỉ định nó bằng chữ cái Hy Lạp là Omicron.[1][2][3] WHO đã bỏ qua NuXi,[6] chữ cái đứng trước trong bảng chữ cái Hy Lạp, để tránh nhầm lẫn với từ tiếng Anh "New" (mới) và họ Xi trong tiếng Trung Quốc.[2][3][7][8] Tổ chức Y tế Thế giới bảo lưu chỉ định Omicron cho "các biến thể cần quan tâm".[3][9]

Các GISAID dự án đã giao cho nó trở thành nhánh nhận dạng GR/484A[10]Nextstrain dự án đã giao cho nó trở thành nhánh định 21K.[11][12]

Đột biến

  • Trình tự gen

Biến thể có một số lượng lớn các đột biến, trong đó có một số đột biến đang được quan tâm.[13] 32 đột biến ảnh hưởng đến protein là những mục tiêu kháng nguyên chính của các kháng thể tạo ra do nhiễm trùng và của nhiều loại vắc-xin được sử dụng rộng rãi.[14][15] Nhiều đột biến trong số đó đã không được quan sát thấy ở các chủng khác. Biến thể này được đặc trưng bởi 30 amino acid thay đổi, ba đoạn cắt nhỏ và một phần chèn nhỏ trong protein đột biến so với virus ban đầu, trong đó có 15 phần nằm trong vùng liên kết thụ thể (phần gốc 319-541). Biến thể cũng mang một số thay đổi và xóa bỏ ở các vùng gen khác. Đáng chú ý, biến thể có ba đột biến tại vị trí phân cắt furin (furin cleavage site). Vị trí phân cắt furin làm tăng khả năng lây nhiễm SARS-CoV-2. Các đột biến theo vùng gen như sau:[16][17]

Hệ gen của
biến thể Omicron SARS-CoV-2
GeneAxit amin
Protein SpikeA67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A [cần giải thích], Q493K, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F

ORF1ab

nsp3K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
nsp4T492I
nsp5P132H
nsp6Δ105-107, A189V
nsp12P323L
nsp14I42V
Protein phong bìT9I
Protein màngD3G, Q19E, A63T
Protein nucleocapsidP13L, Δ31-33, R203K, G204R
Nguồn: Tóm tắt Đánh giá EDCD[17] CoVariants [12]
Hình minh họa vị trí của các đột biến Omicron trong protein đột biến, hình ảnh từ trên xuống (bên trái) và hình bên (bên phải), cho thấy sự thay thế axit amin (màu vàng), phần xóa (màu đỏ) và phần chèn (màu xanh lá cây). Trong cấu trúc trimeric này, hai monome (xám và xanh nhạt) có miền liên kết thụ thể của chúng ở dạng "xuống" trong khi một (xanh đậm) ở dạng "lên" hoặc "mở". Dữ liệu đột biến từ WHO,[1] cấu trúc từ PDB: 6VYB​.[18]

Phản ứng với đột biến

Các WHO là có liên quan nghiêm túc rằng số lượng lớn các đột biến có thể làm giảm khả năng miễn dịch ở những người đã bị nhiễm bệnh trước đó và ở những người được tiêm phòng. Ngoài ra, biến thể omicron có thể bị nhiễm nhiều hơn các biến thể khác. Những tác động này sẽ xảy ra hay sẽ xảy ra đến đâu vẫn chưa được biết vào cuối tháng 11 năm 2021. Các dịch vụ y tế có thể bị quá tải, đặc biệt là ở các quốc gia có tỷ lệ tiêm chủng thấp, điều này có thể làm tăng tỷ lệ tử vong và tỷ lệ mắc bệnh. Các quốc gia được khuyến khích tăng cường tiêm chủng COVID.[19]

Giáo sư Paul Morgan, nhà miễn dịch học tại Đại học Cardiff khuyên bạn nên tiêm phòng, Morgan nói, "Tôi nghĩ rằng việc suy giảm khả năng miễn dịch thay vì mất hoàn toàn [khả năng miễn dịch] là kết quả có thể xảy ra nhất. Virus không thể mất mọi biểu mô đơn lẻ trên bề mặt của nó, bởi vì nếu nó làm vậy, protein tăng đột biến đó sẽ không thể hoạt động được nữa. Vì vậy, trong khi một số kháng thể và dòng tế bào T được tạo ra để chống lại các phiên bản trước đó của vi rút hoặc chống lại vắc-xin có thể không hiệu quả, thì vẫn có những kháng thể khác vẫn có hiệu quả. (...) Nếu một nửa, hoặc hai phần ba, hoặc bất cứ thứ gì, phản ứng miễn dịch không có hiệu quả, và bạn chỉ còn lại một nửa còn lại, thì càng tăng cường càng tốt."[20]

Tài liệu tham khảo

WikiPedia: Biến thể Omicron SARS-CoV-2 http://www.news.cn/english/2021-12/10/c_1310362338... http://theconversation.com/travel-bans-arent-the-a... http://www.reunion.gouv.fr/covid-19-a-la-reunion-i... //pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34824381 //pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34845008 http://web.archive.org/web/20211125215908/https://... //doi.org/10.1016%2Fj.cell.2020.02.058 //doi.org/10.1038%2Fd41586-021-03552-w //doi.org/10.1136%2Fbmj.n2943 http://ghostarchive.org/varchive/b4aTIoZDQk4